Para construir um gráfico onde um dos eixos seja o tempo geológico, o pacote geoscale permite que a coluna cronoestratigráfica seja usada. Além dos nomes dos períodos, séries, andares, etc, ela inclui as cores oficiais conforme a comissão internacional de estratigrafia. Vamos usar dados de isótopos de oxigênio dos oceanos de O’Brien et al. (2017) para o Cretáceo. Os dados incluem dezenas de pontos amostrais, cada um com centenas de amostras. Os pontos são de latitudes variadas (baixa, médio-baixa e altas). Queremos visualizar apenas as latitudes baixa e médio-baixas, então vamos fazer um subset dos dados excluindo as latitudes altas. O símbolo de exclamação dentro de subset() faz quais fatores devem ser excluídos em uma determinada coluna (coluna latitude, neste caso):
> oxyg<-read.csv("O18_Cretaceous_Obrien2017.csv")
> oxyg<-subset(oxyg,!latitude=="higher_mid")
As localidades estão empilhadas, porém as idades (coluna age_ma) não estão ordenadas. Vamos usar a função order() para ordená-las.
> oxyg<-oxyg[order(oxyg$age_ma, decreasing=T),]
Criamos também um objeto com expressão para designar o δ18O. Agora sim, finalmente fazemos o plot usando a função geoscalePlot() do pacote geoscale. Note os argumentos usados.
> label.O<-expression(paste(delta ,O^18 , sep = ""))
> geoscalePlot(oxyg$age_ma,oxyg$d18O, units=c("Age","Epoch","Period"), boxes="Age", cex.age=1, cex.ts=1, data.lim=c(1.2,-6), age.lim=c(124,65), col="black", pch=20, label=label.O, direction="vertical", vers="ICS2015")
> ma<-rollmean(oxyg$d18O,10,fill = list(NA, NULL, NA))
> lines(ma,oxyg$age_ma,col="blue",lwd=2)